Právním předpisem, kterým se stanovuje charakteristika bonitovaných půdně ekologických jednotek a postup pro jejich vedení a aktualizaci je Vyhláška Ministerstva zemědělství č. 227/2018 Sb., ve znění vyhlášky č. 33/2024 Sb. Během bonitačního průzkumu lze v současné době vymezit 89 hlavních půdních jednotek (HPJ), které tvoří jádro až 2995 BPEJ. HPJ jsou agregovány z geneticko-agronomického hlediska do následujících 15 půdních skupin:

Černozemě (PT 1, HPJ 01–08) – do této skupiny patří zejména všechny černozemě a smonice, ke kterým byly přiřazeny i půdy podobných vlastností, zejména po stránce obsahu a kvality humusu, zrnitostního složení, vláhových poměrů nebo vrstevnatosti substrátu. V této skupině se nevyskytuje větší skeletovitost, pokud existuje, pochází z terasovitých štěrků nebo je původu flyšového. V HPJ 08 jsou pak soustředěny půdy na sprašových pokryvech nebo svahovinách s výraznou plošnou erozí. Výskyt půd černozemního typu je v naprosté většině soustředěn ve velmi teplých a teplých klimatických regionech, výjimku tvoří nečernozemní půdy postižené degradačními procesy.

Hnědozemě (PT 2, HPJ 09–13) – do této skupiny patří převážně hnědozemě s méně výrazným procesem illimerizace. Dále pak i tzv. šedozemě (HPJ 09) se svými agronomickými vlastnostmi bližším hnědozemím. Půdy této skupiny jsou středně těžké až těžké, většinou bez výrazného skeletu a velmi hluboké. Vlhkostní poměry jsou převážně příznivé, kdy výjimku tvoří pouze HPJ 13 charakteristická velmi propustným podložním substrátem.

Luvizemě (PT 3, HPJ 14–17) – tato skupina půd je definovaná výrazným půdotvorným procesem illimerizace. Pod humusovým horizontem se nachází plavý eluviální horizont s menším zastoupením konkrecí, sahající do hloubky 0,3 až 0,4 m. Často jsou ovšem během agrotechnických úprav tyto dva horizonty homogenizovány. Přechodný horizont s poprašky často jazykovitě proniká do zrnitostně těžšího iluviálního horizontu hnědé barvy. Připouští se u nich pouze velmi slabý znak oglejení. Charakteristickým substrátem jsou sprašové pokryvy anebo polygenetické hlíny, většinou bezskeletovité. Vyskytují se převážně v rovinatém reliéfu.

Rendziny a pararendziny (PT 4, HPJ 18–20) – skupina zahrnuje rendziny a pararendziny vytvořené na typických karbonátových horninách nebo na karbonátosilikátových zvětralinách (opuka, slínovce apod). Půdní profil středně hluboký až hluboký. Obsah skeletu je závislý na půdotvorném substrátu. Vláhové poměry jsou poměrně dobré, pouze u zrnitostně těžkých půd hrozí dočasně zamokření.

Regozemě (PT 5, HPJ 21–23) – skupina, která sdružuje všechny půdy vyvinuté na píscích a štěrkopíscích, popř. s podložím méně propustným (HPJ 23). Jsou lehkého nebo lehčího středně těžkého zrnitostního rázu, značně závislé na srážkách během vegetačního období.

Kambizemě (PT 6, HPJ 24–33) – tato skupina zahrnuje převážně půdy vyvinuté na zvětralinách pevných hornin. Z této skupiny byly vyčleněny půdy silně skeletovité – mělké, silně sklonité a také všechny definované klimatickými podmínkami, jenž tvoří samostatné skupiny (PT 7 až 9). Kambizemě jsou typické půdy pahorkatin a nižších a středních poloh vrchovin. Interval zrnitostního složení je velmi široký, tj. od lehkých až po těžké.

Půdy chladných oblastí (PT 7, HPJ 34–36) – kambizemě dystrické (řidčeji modální), podzoly a kryptopodzoly vyvinuté ve vyšších polohách vrchovin až horských oblastí. Typickým znakem těchto půd je vyšší obsah méně kvalitního humusu a silně kyselá nebo kyselá půdní reakce. Jejich diferenciace je založena zejména na příslušnosti ke klimatickému regionu 8 nebo 9 a zrnitostním složení.

Půdy mělké (PT 8, HPJ 37–39) – kambizemě, rankery, litozemě vyznačující se malou mocností půdního profilu (cca do 30 cm) a převážně výraznou skeletovitostí. Za mělké jsou považovány i půdy hlubší s extrémní skeletovitostí, jenž výrazně zhoršuje agrotechnické zásahy. Vyskytují se ve všech klimatických regionech.

Půdy silně svažité (PT 9, HPJ 40–41) – tato skupina zahrnuje všechny půdy o sklonitosti větší než 12° bez ohledu na půdotvorný substrát nebo mocnost půdního profilu, přičemž respektujeme dvě kategorie sklonu: 4 (nad 12°) a 5–6 (nad 17°). Rozdělení v rámci skupiny je dáno zrnitostním složením. Při vymezení BPEJ pak hraje značnou roli i expozice vůči světovým stranám.

Pseudogleje (PT 10, HPJ 42–54) – diagnostickým znakem této skupiny půd je tzv. oglejení, tedy periodické převlhčení profilu, především v jarním období. Tyto půdy jsou rozšířené v mírně teplé až chladné oblasti, kde se vyskytují jak v rovinatém, tak mírně sklonitém terénu či terénních depresích. Pro celou skupinu je patrná značná variabilita i u zrnitostního složení a půdotvorného substrátu (hnědozemě oglejené až po pseudogleje pelické).

Fluvizemě (PT 11, HPJ 55–59) – půdy rovinatého území zejména na nevápnitých i vápnitých sedimentech podél vodních toků, včetně glejových a oglejených subtypů a variet. Vnitřní třídění ve skupině je založeno na zrnitostním složení a na hloubce hladiny vody spojené s tokem. Jsou to většinou půdy bezskeletovité. Do této skupiny řadíme zrnitostně lehké černice.

Černice (PT 12, HPJ 60–63) – skupina charakteristická hlubokými humusovými horizonty, vždy přesahujícími hloubku 30 cm a s vysokým obsahem humusu. Ten je vždy vyšší, než mají okolní černozemě. Černice se vyskytují v rovinatých částech niv nebo v depresních polohách plošin velmi teplého a teplého klimatického regionu. Určujícím znakem pro diferenciaci HPJ v rámci skupiny je výška hladiny podzemní vody a zrnitostní složení. Silná periodická mineralizace organických látek za podmínek polovýparného až výparného typu vodního režimu může vést až k zasolení.

Gleje (PT 13, HPJ 64–78)  – tato skupina zahrnuje širokou škálu zejména hydromorfně ovlivněných půd – od meliorovaných glejů na rovinách, přes organozemě a katény, až po různě hluboké strže. Vymezení jednotlivých HPJ této skupiny je ovlivněno pedogenetickými procesy, charakterem reliéfu anebo stupněm hydromorfismu.

Koluvizemě (PT 14, HPJ 79–81) – tato nově vymezená skupina půd zahrnuje půdy vznikající akumulací erozních sedimentů lokálního původu v tzv. koluviálních pozicích v terénu (úpatí svahů, průlehy a suchá údolí, konkávní prvky svahů). Jejich rozlišení je v rámci skupiny dáno především zrnitostním charakterem akumulovaného sedimentu, jehož celková mocnost musí přesáhnout 50 cm.

Antropozemě (PT 15, HPJ 82–89) – druhá nově vymezená skupina zahrnuje půdy přímo ovlivněné člověkem, a to takovým způsobem, který však přesahuje běžné antropické ovlivnění (antropozemě a kultizemě). Diferenciace jednotlivých HPJ je dána zejména mocností a charakterem humózního překryvu a zrnitostním rázem celého profilu.